Module R’Stat1 : Rappels (1/4)
francois.rebaudo@ird.fr
Novembre 2019 ; IRD-Montpellier-France
CC BY-NC-ND 3.0
Rappels : environnement de travail
R et EDI
Les principaux EDI et éditeurs de texte pour R :
Rappels : la notion d’objet
un objet ?
## [1] 5## [1] 15Dans ce cours nous utiliserons toujours la forme <- par souci de consistance et aussi parce que c’est la forme la plus répandue.
(parenthèse sur le style)
- le style lowerCamelCase
- les espaces
- l’indentation
un objet ?
## [1] 25## [1] 47.12389un objet ?
FONCTION pour lister les objets : ls()
## [1] "monObjet"## [1] "monObjet"## character(0)un objet ?
## [1] 5un objet ?
## character(0)mesEspeces <- c("sppA", "sppB", "sppC")
mesDonnes <- c(5, 7, 8)
for(i in seq_along(mesEspeces)){
assign(
mesEspeces[i],
value = mesDonnes[i]
)
}
ls(pattern = "^spp[A-Z]$")## [1] "sppA" "sppB" "sppC"Rappels : le répertoire de travail
Mais où suis-je ?
## [1] "D:/00__EN_COURS/FORMATION/CURSOS_DE_R_2019_IRD"Définir son répertoire de travail
## [1] "D:/00__EN_COURS/FORMATION/CURSOS_DE_R_2019_IRD"Lister les fichiers
## [1] "_output.yaml" "00_avantDeVenir.R"
## [3] "00_buildPrez.R" "ADMIN"
## [5] "ARCHIVES" "barplot.pdf"
## [7] "biblio_LM_GLM" "CURSOS_DE_R_2019_IRD.Rproj"
## [9] "DATA" "dependent_HTML_libraries"
## [11] "inkscape.mp4" "logoGimp.png"
## [13] "logoInkscape.png" "multplot.pdf"
## [15] "multplot.png" "R00_links.html"
## [17] "R00_links.Rmd" "R010_intro.html"
## [19] "R010_intro.Rmd" "R011_intro.html"
## [21] "R011_intro.Rmd" "R012_intro.html"
## [23] "R012_intro.Rmd" "R013_intro.html"
## [25] "R013_intro.Rmd" "R014_intro.html"
## [27] "R014_intro.Rmd" "R015_intro_TD01.html"
## [29] "R015_intro_TD01.Rmd" "R016_intro_TD02.html"
## [31] "R016_intro_TD02.Rmd" "R021_statsDescrp.html"
## [33] "R021_statsDescrp.Rmd" "R031_statsSimple.html"
## [35] "R031_statsSimple.Rmd" "R032_statsSimple_TD03.html"
## [37] "R032_statsSimple_TD03.Rmd" "R033_statsSimple_TD04.html"
## [39] "R033_statsSimple_TD04.Rmd" "R034_statsSimple_TD05.html"
## [41] "R034_statsSimple_TD05.Rmd" "R041_modLin.html"
## [43] "R041_modLin.Rmd" "R051_regLin.html"
## [45] "R051_regLin.Rmd" "R052_regLin_TD06.html"
## [47] "R052_regLin_TD06.Rmd" "R053_regLinMult.html"
## [49] "R053_regLinMult.Rmd" "R054_regLin_TD07.html"
## [51] "R054_regLin_TD07.Rmd" "R055_modLin.html"
## [53] "R055_modLin.Rmd" "R061_ANCOVA.html"
## [55] "R061_ANCOVA.Rmd" "R071_ts.html"
## [57] "R071_ts.Rmd" "R081_glm.html"
## [59] "R081_glm.Rmd" "rEtEDI.png"
## [61] "reveal.css" "rTD02_1.png"Lister les fichiers
## [1] "00_avantDeVenir.R" "00_buildPrez.R"## [1] "R00_links.Rmd" "R010_intro.Rmd"
## [3] "R011_intro.Rmd" "R012_intro.Rmd"
## [5] "R013_intro.Rmd" "R014_intro.Rmd"
## [7] "R015_intro_TD01.Rmd" "R016_intro_TD02.Rmd"
## [9] "R021_statsDescrp.Rmd" "R031_statsSimple.Rmd"
## [11] "R032_statsSimple_TD03.Rmd" "R033_statsSimple_TD04.Rmd"
## [13] "R034_statsSimple_TD05.Rmd" "R041_modLin.Rmd"
## [15] "R051_regLin.Rmd" "R052_regLin_TD06.Rmd"
## [17] "R053_regLinMult.Rmd" "R054_regLin_TD07.Rmd"
## [19] "R055_modLin.Rmd" "R061_ANCOVA.Rmd"
## [21] "R071_ts.Rmd" "R081_glm.Rmd"Lister les fichiers
## [1] "bdd.csv" "bddSept2019.csv" "dump.csv" "patronymes.csv"
## [5] "Prenoms.csv"Lire un fichier
## Warning in file(file, "rt"): impossible d'ouvrir le fichier 'Prenoms.csv' :
## No such file or directory## Error in file(file, "rt"): impossible d'ouvrir la connexionLire un fichier
## X01_prenom X02_genre X03_langage X04_frequence
## 1 aaliyah f english (modern) 0
## 2 aapeli m finnish 0
## 3 aapo m finnish 0
## 4 aaren m,f english 0
## 5 aarne m finnish 0
## 6 aarón m spanish 0Lire un fichier
## X01_prenom X02_genre X03_langage X04_frequence
## 1 aaliyah f english (modern) 0
## 2 aapeli m finnish 0
## 3 aapo m finnish 0
## 4 aaren m,f english 0
## 5 aarne m finnish 0
## 6 aarón m spanish 0Lire un fichier
- csv
headernom des colonnes- pas de chiffre en début de nom de colonne
speséparateur de champsdecséparateur de décimales?read.table()et csv, …
Rappels : les types de données
numeric
- les nombres entiers (integers)
- les nombres à virgule (double)
Par défaut R considère tous les nombres comme des nombres à virgule et leur attribue le type double.
numeric
## [1] "double"## [1] "double"## [1] TRUE## [1] TRUEnumeric
## [1] "integer"## [1] "double"## [1] "integer"numeric
## [1] 5## [1] 5## [1] TRUEnumeric
## [1] 5## [1] 5.426## [1] 6## [1] 5numeric
dateNaissance <- as.Date("01/02/1970", format = "%d/%m/%Y")
dateAujourdhui <- Sys.Date()
age <- as.numeric(dateAujourdhui - dateNaissance)/365
print(age)## [1] 49.73699## [1] 49character (texte)
## [1] "character"character
character
factor
## [1] aaa
## Levels: aaa## [1] "integer"## [1] TRUE## [1] "aaa"factor
## [1] "aaa"## [1] 1logical
## [1] TRUE## [1] "logical"## [1] TRUElogical
## [1] 2## [1] 1## [1] "TRUE"logical
## [1] TRUE## [1] TRUE## [1] TRUE## [1] TRUElogical
## [1] 2## [1] 1## [1] TRUElogical
## [1] TRUE## [1] TRUE## [1] TRUE## [1] TRUE## [1] TRUENA
Absence de données ou données manquantes
NA
## [1] NA## [1] "logical"## [1] "integer"## [1] "character"NA
## [1] NA## [1] NA## [1] NA## [1] NADate et POSIX
Pour les “dates” et les “dates et heures”
…et les packages comme lubridate ?
Date et POSIX
Dans nos fichiers :
- 27/12/2018
- 12/27/2018
- 12/27/18
- december 27 2018
- 27 dec 2018
- …
Date et POSIX ?strptime
| code | Valeur |
|---|---|
| %a | jour de la semaine (abréviation) |
| %A | jour de la semaine |
| %b | mois (abréviation) |
| %B | mois |
| %d | jour du mois (decimal) |
| %j | jour de l’année (decimal) |
| %m | mois (decimal) |
| %y | année avec deux chiffres |
| %Y | année |
| %U | semaine de l’année en commençant par dimanche (decimal) |
| %W | semaine de l’année en commençant par lundi (decimal) |
Date et POSIX ?strptime
| code | Valeur |
|---|---|
| %H | heure 24 |
| %I | heure 12 |
| %M | minute |
| %S | seconde |
Date et POSIX
## [1] "2018-12-27"## [1] "2018-12-27"## [1] "2018-12-27"Date et POSIX
## [1] NA## [1] "décembre"## [1] "French_France.1252"Date et POSIX
## [1] "C"## [1] "2018-12-27"Date et POSIX
## [1] "2018-12-27"Date et POSIX
## [1] "French_France.1252"## [1] "2018-12-27"## [1] "2018-12-27"Date et POSIX
## [1] "jeudi 27 décembre 2018"Date et POSIX
les 30 prochains 1er mai vont tomber un :
## [1] "dimanche 2020" "mardi 2021" "mercredi 2022" "jeudi 2023"
## [5] "vendredi 2024" "dimanche 2025" "lundi 2026" "mardi 2027"
## [9] "mercredi 2028" "vendredi 2029" "samedi 2030" "dimanche 2031"
## [13] "lundi 2032" "mercredi 2033" "jeudi 2034" "vendredi 2035"
## [17] "samedi 2036" "lundi 2037" "mardi 2038" "mercredi 2039"
## [21] "jeudi 2040" "samedi 2041" "dimanche 2042" "lundi 2043"
## [25] "mardi 2044" "jeudi 2045" "vendredi 2046" "samedi 2047"
## [29] "dimanche 2048" "mardi 2049"Date et POSIX : nombre de jours fériés fixes
Date et POSIX
jFeries <- gsub(
pattern = "lundi|mardi|mercredi|jeudi|vendredi",
replacement = "ouaip",
x= jFeries)
jFeries <- gsub(
pattern = "samedi|dimanche",
replacement = "ohhh",
x= jFeries)
head(jFeries)## [1] "2020 ouaip" "2021 ouaip" "2022 ohhh" "2023 ohhh" "2024 ouaip"
## [6] "2025 ouaip"Date et POSIX
Date et POSIX
Date et POSIX
Class “POSIXct” represents the (signed) number of seconds since the beginning of 1970 (in the UTC time zone) as a numeric vector.
Date et POSIX
## [1] "2018-12-27 17:32:45 CET"